Articles¶
Principal Papers¶
Páll, et al. (2020) J. Chem. Phys. 153, 134110 (DOI:10.1063/5.0018516)
Abraham, et al. (2015) SoftwareX 1-2 19-25 (DOI:10.1016/j.softx.2015.06.001)
Páll, et al. (2015) Proc. of EASC 2015 LNCS, 8759 3-27. (DOI:10.1007/978-3-319-15976-8_1)
Pronk, et al. (2013) Bioinformatics 29 845-854. (DOI:10.1093/bioinformatics/btt055)
Hess, et al. (2008) J. Chem. Theory Comput. 4: 435-447. (DOI:10.1021/ct700301q)
van der Spoel, et al. (2005) J. Comput. Chem. 26: 1701-1718. (DOI:10.1002/jcc.20291 )
Lindahl, et al. (2001) J. Mol. Model. 7: 306-317. (DOI:10.1007/s008940100045)
Berendsen, et al. (1995) Comp. Phys. Comm. 91: 43-56. (DOI:10.1016/0010-4655(95)00042-E)
Other papers¶
On Lennard-Jones PME:
Wennberg et al. (2015) J. Chem. Theory Comput., 12 5737–5746 (DOI:10.1021/acs.jctc.5b00726)
Wennberg et al. (2013) J. Chem. Theory Comput., 9 3527–3537 (DOI:doi.org/10.1021/ct400140n)
On Verlet scheme:
Páll & Hess (2013), Comp. Phys. Comm.,184 2641-2650 (DOI:10.1016/j.cpc.2013.06.003)
On GROMACS benchmarking:
Kutzner, et al. J. Comput. Chem. 2019, 00, 1– 14. (DOI:10.1002/jcc.24030)
Kutzner, et al. J. Comput. Chem., 2015, 36 1990-2008. (DOI:10.1002/jcc.26011)
